آب رودخانه ارس (منطقه آزاد) به‌ویژه در محدوده سد «خداآفرین» و دشت مغان، علاوه بر آلودگی به مواد پرتوزا، به فلزات سنگین و سمی مانند سرب و ترکیباتش، آرسنیک، ترکیبات آلومینیوم، نیکل، مس، آهن، منگنز و ۵۳ آلاینده دیگر نیز آلوده است.
گویا در اینباره، یازده مطالعه از سوی نهادهای رسمی و دانشگاهی کشور و طی سال‌های ۱۳۹۹ تا زمستان ۱۴۰۱ انجام شده است.
قطع به یقین ارمنستان، شریک تجاری و دوست همیشگی ایران محسوب می‌شود و این آلودگی محیط زیستی ، بصورت تعمدی نبوده است اما لازم است مقامات محیط زیست دو کشور با تشکیل یک کمیسیون مشترک، ضمن پیدا کردن منشا دقیق برای اصلاح رویه موجود، هر چه سریع‌تر اقدام کنند.
